Il est hautement probable, voire certain, que différentes tribus aient choisi de s’établir près de Sessenheim entre 2000 et 900 avant notre ère. Cela est étayé par l’existence d’un tumulus à l’est du village, baptisé « Frederikenruhe » par Goethe, qui date de cette période. Ce tumulus a été érigé au-dessus de tombes anciennes. Parmi les découvertes, on compte une cruche à vin en bronze appelée « Oenochoe », ainsi qu’une bague, un bracelet et quelques ossements, datant des années 1000 à 400 avant Jésus-Christ.
En 737, le nom du village apparaît pour la première fois dans un document de l’abbaye de Murbach (Haut-Rhin), qui possédait des biens à Sessenheim.
En 1341, les seigneurs de Lichtenberg détiennent certains droits à Sessenheim en tant que fief impérial des comtes d’Oetingen, landgraves d’Alsace. Toutefois, le 26 janvier 1359, les comtes d’Oetingen cèdent ce fief impérial, ainsi que dix autres villages de l’Uffried, aux Fleckenstein.
La révolte des paysans en 1525 engendre des perturbations dans l’Uffried et n’épargne pas Sessenheim.
Les Fleckenstein, partisans de la Réforme luthérienne, introduisent la nouvelle religion dans les trente villages de leur baronnie, dont Sessenheim fait partie.
Pendant la guerre de Trente ans (1618-1648), le village est grandement affecté. Il est conquis et repris par différentes factions belligérantes. En 1629, des troupes impériales sont cantonnées à Sessenheim. Durant la grande épidémie de 1633, le pasteur enterre 142 paroissiens. Son presbytère est pillé et il est contraint de se réfugier à Dahlunden pendant plus de quatre ans. En 1635, des affrontements ont lieu à Sessenheim et dans les environs. L’année suivante, les habitants quittent de plus en plus le village pour se réfugier de l’autre côté du Rhin. Seules onze familles restent au village, affrontant l’hiver extrêmement rigoureux de 1636/1637. À la fin des hostilités, Sessenheim se retrouve dépeuplé. Ce n’est qu’en 1659 que les premiers colons, des Suisses, s’installent dans le village. Quelques années plus tard (1673/1677), le village et les alentours sont à nouveau occupés par les troupes de Turenne, qui ravagent et incendient la région.
À nouveau, les habitants de Sessenheim trouvent refuge sur les îles du Rhin près de Stattmatten et Dahlunden. Une grave pénurie alimentaire affecte la population.
Premier rattachement à la France de 1648 à 1870
La construction du « Canal Vauban », dont quelques vestiges sont encore visibles derrière le cimetière, débute en 1685.
Vers 1688, le « Simultaneum » est instauré dans l’église protestante de Sessenheim, permettant la célébration des cultes protestant et catholique dans le même édifice jusqu’en 1911.
La guerre de succession d’Espagne sévit aux alentours de Sessenheim en 1705 et 1706. Quelques années plus tard, en 1712, la population est décimée par une épidémie de peste.
En 1719, le célèbre facteur d’orgues André Silbermann construit un petit orgue que la paroisse protestante acquiert pendant la Révolution. Cet orgue reste en service jusqu’en 1907 et fait aujourd’hui partie des collections des musées de Strasbourg.
En 1721, une cure royale est établie à Sessenheim. En 1744, le village subit des troubles et des pillages causés par des hordes indisciplinées, les Pandours, venues de l’est.
Le 29 novembre 1751, naît à Rechtenbach, dans le Palatinat, Marie Salomé Schweppenhaüser. Son père est pasteur de la paroisse protestante de Sessenheim de 1757 à 1760. Marie Salomé est une ancêtre du Prince Charles, futur roi d’Angleterre.
En avril 1752, Frédérique Elisabeth Brion naît à Niederroedern. Son père, J. Jacques Brion, remplace le pasteur H.G. Schweppenhaüser à Sessenheim après son décès le 16 août 1760.
En 1790, Sessenheim est intégré au canton de Fort-Louis. La même année, les citoyens du village prêtent serment à la Constitution dans l’église.
Toutefois, ce rattachement au canton de Fort-Louis est de courte durée, car dès 1802, la commune est définitivement incorporée au canton de Bischwiller. En 1835, le vieux presbytère, déjà en mauvais état lors des visites de Goethe, est finalement remplacé par une nouvelle construction.
Le village redevient allemand de 1870 à 1918
Pendant cette période, une autre personnalité notable, l’artiste peintre Henri Loux, naît à Auenheim en 1875 et passe son enfance à Sessenheim. Il est le créateur du superbe décor qui embellit le service de table « Obernai ». Le 25 juillet de cette même année, un événement majeur se déroule à Sessenheim avec l’inauguration de la ligne de chemin de fer Strasbourg-Lauterbourg.
Après la fin des fouilles, la « Friederikenruhe » est inaugurée le 18 juillet 1880 sur le tumulus à l’est du village.
La paroisse catholique, en pleine croissance, se dote d’un presbytère en 1886. Quelques années plus tard, en 1893, la commune érige une école catholique à l’emplacement actuel du monument aux morts. Les bureaux de la mairie sont aménagés dans le même bâtiment.
Le village traverse le XXe siècle
Au début de la Première Guerre mondiale, les habitants de Sessenheim sont contraints de quitter leurs foyers. La commune est évacuée vers la Haute-Vienne, à Bujaleuf. La population y séjourne pendant un an. Après la campagne de France, les derniers évacués rentrent à Sessenheim le 10 octobre 1940. Vers la fin des hostilités, la commune est durement touchée. Des combats intenses se déroulent dans les rues du village et aux alentours. De nombreuses maisons sont détruites ou endommagées.
La flèche de l’église catholique est détruite, tandis que l’école et les bureaux de la mairie sont ravagés par les flammes. À la fin de la guerre, la commune pleure la perte de 26 jeunes soldats sur divers fronts et déplore 11 victimes civiles. Le monument aux morts, situé sur la Place de la Mairie au centre de Sessenheim, témoigne de cette épreuve difficile traversée par le village. Cependant, Sessenheim se relève ! Dès 1954, les écoles et la mairie déménagent dans le nouveau groupe scolaire construit à l’emplacement de l’ancienne école protestante. Les maisons dévastées sont reconstruites et de nouveaux quartiers émergent. Les blessures infligées par la guerre commencent à cicatriser.
En 1960, l’ancien Corps de Garde datant de l’époque napoléonienne est transformé en « Mémorial Goethe », à l’initiative de la municipalité et des « Amis du Mémorial » sous la direction du Professeur Albert Fuchs. La chronique de Sessenheim rédigée par M. Guggenbühl est publiée en 1961. Elle retrace en détail l’histoire du village.
De nombreuses réalisations ont été entreprises depuis : rénovation des deux églises et du cimetière, construction d’une station d’épuration, d’un dépôt d’incendie et d’un atelier municipal, d’une salle de motricité et d’une bibliothèque scolaire. L’aménagement de la maison communale et de la place de la mairie a grandement contribué à la vie et à l’embellissement du village.